土壤是蔬菜优质高产最重要的物质基础。一旦土壤结构、土壤耕作层遭到破坏，土壤恶化，种植蔬菜就如无本之木、无源之水，不仅蔬菜难以获得高产，而且会降低棚室的使用寿命。现阶段许多菜农对于蔬菜的病虫害都开始注意了，也开始引进先进的管理技术，而对土壤恶化现象没有足够的重视。由此可以肯定，即使管理技术再高，病虫害防治再及时，但失去了土壤这个基础保障，棚室蔬菜仍然难以获取高产高效。因此说，只有重视土壤的保护，避免土壤恶化，棚室蔬菜才能高产高效，蔬菜棚室才能可持续利用。
土壤恶化主要体现在土壤板结、盐渍化加重，微量元素缺乏，土壤菌群失调，土壤结构破坏等方面。
一、土壤板结、盐渍化加重
在我们大部分的菜区，都存在长期大量不合理施用化学肥料的现象，不但底肥化肥使用量大，而且追肥也是大量使用，甚至有的菜农只要浇水，肯定往地里面追肥，从来不会浇空水，这样就使的土壤团粒结构破坏严重，透气性降低，从而造成土壤板结。土壤板结对蔬菜的危害一是根系下扎困难，扎不下去;二是即使根系能扎下去，也会因土壤含氧量过低，根系得不到呼吸，出现沤根的现象。同时大量化肥的使用更加重了土壤的盐渍化，土壤盐害有轻重之分，初期地面有清霜而后发展到绿皮“青苔”，棚室内蔬菜尚为正常;中度时地面出现许多块状的红色胶状物，干后变为“红霜”，棚室内蔬菜生长到中期出现点片萎蔫;土壤盐分过重时地面出现白色结晶“盐霜”，棚室内蔬菜定植后根系特别少，后期死秧加重。
二、土壤菌群失调
土壤中微生物种类特别多，也就是咱们菜农们说的生物菌。正常来说，这些生物菌有一部分是有益菌，在土壤中起比较好的作用，改良根系生长的环境;还有一部分菌属于有害菌，包括病原菌和一些减产菌等，这些菌会引起许多的土传病害，轻的造成死秧、死苗，严重的直接导致减产。随着种植时间的延长，土壤中病菌的数量越来越多，而有益菌是咱们菜农不知道补充的，这就导致了土壤菌群的失调，即土壤中病原菌太多了，有益菌太少了。也是为什么同样的种植管理水平，老棚室的产量没有新棚室产量高的原因。而且咱们菜农朋友们也都知道了菜田种几年之后地里病菌多了，但怎么解决却没有办法，只是在蔬菜种植前，往地里面撒施点多菌灵、甲托或是敌克松之类的杀菌剂，来解决解决心理问题，但改变不了实质性的问题。

三、微量元素缺乏
连作是蔬菜种植的普遍现象，然而连年种植蔬菜容易造成土壤养分的偏耗，特别是硼、锌、铁等微量元素，而生产中咱们菜农只知道往地里面施氮磷钾肥，没有使用微量元素的习惯，就是用也不知道用什么样的，往往花了钱起不到理想的效果，很多是无效的，因此菜田得不到及时补充，致使土壤中微量元素日渐减少，由此引发的缺素症越来越严重，这些生理性的缺素症也大大影响了蔬菜的生长发育，产量减少、品质下降。

四、土壤团粒结构破坏
土壤团粒结构是由若干土壤单粒粘结在一起形成为团聚体的一种土壤结构。因为单粒间形成小孔隙、团聚体间形成大孔隙，所以与单粒结构相比较，其总孔隙度较大。小孔隙能保持水分，大孔隙则保持通气，团粒结构土壤能保证植物根的良好生长，适于作物栽培。土壤团粒结构在一定程度上标志着土壤肥力的水平和利用价值。但这种结构特别的不稳定，无论是浇水还是施肥，都会造成团粒结构的破坏。尤其是不合理的浇水，次数多、水量大，不但更加重了土壤结构破坏，还会使地温下降、棚室内湿度上升，从而也加重了病害的发生。